Podľa analytikov Európskej komisie, ktorí hodnotili pokrok Slovenska pri zavádzaní štrukturálnych reforiem, je financovanie vedy a výskumu na Slovensku príliš závislé od eurofondov. Až 39 % z vnútroštátnych investícií do výskumu sa opiera o zahraničné zdroje financovania, najmä fondy EÚ, ktoré pritom tvoria až 89 % verejných investícii v tejto oblasti.
Závislosť od zdrojov EÚ vytvára nerovnováhu, ktorá znemožňuje finančné plánovanie výskumu a spôsobuje problémy v riadení ľudských zdrojov. Doterajšia podpora z fondov EÚ smerovala predovšetkým do infraštruktúry, postavili sa nové vedecké parky, vznikli nové centra excelentnosti, no chýbajú dostatočné finančné prostriedky na údržbu a personál.
Prudký pokles financovania výskumu v roku 2016 v dôsledku prechodu medzi obdobiami financovania EÚ - kedy došlo k medziročnému poklesu v objeme investícií o takmer 40% - výstižne poukazuje na nadmerné spoliehanie sa slovenského výskumu na európske štrukturálne a investičné fondy a podľa analytikov EK “vyvoláva vážne otázky týkajúce sa udržateľnosti a primeranosti financovania výskumu na Slovensku.”
Výskum a inovácie trpia v dôsledku neúčinnej koordinácie medzi ministerstvami a výkonnými agentúrami, pričom hlavné reformy sa pravidelne odsúvajú. "Domáci technologický vývoj je nevýrazný, na čo poukazuje malý počet patentov, prepojenia medzi vedou a podnikateľskou sférou sú na Slovensku zanedbateľné," konštatuje sa v správe EK.
Nestabilné investičné prostredie vedie k neželaným javom v oblasti ľudských zdrojov: v rokoch 2010-2012 bolo na Slovensku historicky najviac vedcov, no odvtedy ich počet mierne klesá. Slovensko zaostáva v počte vedcov nie len za priemerom EÚ, ale tiež krajinami V4. Podľa správy NKÚ pripadá v SR na 1000 zamestnancov iba 3,3 uväzku pre zamestnancov vo výskume, pričom priemer EÚ je až 5,5 úväzku. Podľa štatistík Svetovej banky bolo v roku 2017 na Slovensku približne o 1000 vedcov menej než roku 2012. K poklesu počtu vedcov pritom došlo v období rastu investícii do vedy a výskumu.
Investície do vedy a výskumu na Slovensku ako podiel na HDP:
2011: 0,68 %
2015: 1,2 %
2016: 0,78%
2017: 0,88 %
Podľa najnovších údajov Svetovej banky pripadá na jeden milión obyvateľov Slovenska 2 600 vedcov. V tabuľke sa nachádzame medzi Španielskom a Gréckom, no napríklad v Českej republike je až 3 518 vedcov na milión obyvateľov. Výdavky na vedu v Českej republike sa v posledných rokoch približujú dvom percentám HDP a dosahujú úroveň priemeru rozvinutých krajín.
Vďaka analýzam českého think-tanku IDEA, spoločného pracoviska Univerzity Karlovej a Akadémie vied ČR, vieme podrobne porovnať aj publikačný výkon českých a slovenských vedcov v jednotlivých odboroch (za obdobie 2010-2014). Výsledky analýz ukazujú, že ani jedna z viac ako dvesto oblastí vedy na Slovensku nedosahuje ani priemernú úroveň jedenástich podobných krajín. Kým Česko malo osem nadpriemerne kvalitných oblastí výskumu – vrátane jadrovej fyziky a analytickej chémie - zo Slovenska sa do nadpriemeru nedostal ani jediný vedný odbor. Najbližšie sa k tomu priblížil len výskum keramických materiálov.
Počet vedcov na jeden milión obyvateľov (podľa krajín):
Izrael: 8250
Južná Kórea: 7113
Japonsko: 5210
Nemecko: 4893
Kanada: 4552
Australia: 4539
Veľká Británia: 4430
USA: 4313
Francúzsko: 4307
Česká republika: 3518
Rusko: 2979
Španielsko: 2732
Slovensko: 2599
Grécko: 2412
Taliansko: 2131
Turecko: 1216
Čína: 1206
(Zdroj: Svetová banka, 2017)