Zásadný vplyv na formovanie architektonického školstva mala osobnosť prof. Emila Belluša, ktorý od roku 1939 na SVŠT pôsobil ako pedagóg a v povojnových rokoch naplno vložil energiu do vytvorenia a formovania architektonického vzdelávania smerujúceho k samostatnej fakulte. Okrem Belluša medzi najvýznamnejšie, osobnosti, ktoré formovali výchovu architektov na Slovensku patrili z Karel Hannauer, Alfréd Piffl, J. E. Koula, Vladimír Karfík, Jozef Lacko a ďalší.
Samostatná Fakulta architektúry bola založená v roku 1976, prvým dekanom sa stal doc. Ing. arch. Daniel Majzlík, CSc. a tvorili ju 4 katedry : Katedra architektonickej tvorby I - typológie obytných a občianskych budov, Katedra architektonickej tvorby II - typológie priemyselných a poľnohospodárskych budov, Katedra teórie a dejín architektúry, kreslenia a modelovania, Katedra urbanizmu a územného plánovania a od akademického roku pribudla 1987/88 Katedra architektonického projektovania a dizajnu.
Počas 30-tych rokov Fakulta architektúry prešla transformačnými zmenami, tie najvýznamnejšie sa udiali po roku 1989, prijal sa model štúdia 4+2+3, teda 4 roky bakalársky, 2 roky inžiniersky alebo magisterský a 3 roky doktorandský stupeň štúdia. Fakulta sa zároveň otvorila zahraničiu. Dnes má fakulta 9 ústavov a 2 kabinety: Ústav architektúry obytných budov, Ústav architektúry občianskych budov, Ústav ekologickej a experimentálnej architektúry, Ústav dejín a teórie architektúry a obnovy pamiatok, Ústav konštrukcií v architektúre a inžinierskych stavieb, Ústav interiéru a výstavníctva, Ústav urbanizmu a územného plánovania, Ústav záhradnej a krajinnej architektúry, Ústav dizajnu, Kabinet počítačových a multimediálnych disciplín a Kabinet výtvarnej tvorby.
V rokoch 1976 - 2011 ukončilo 2. stupeň štúdia 3 917 absolventov, z toho 3 626 architektov a 291 dizajnérov. Doktorandské štúdium, do roku 1990 vedeckú ašpirantúru, ukončilo 315 absolventov. Medzi významných absolventov školy patria: prvá dáma českej architektúry Alena Šrámková, architekt Dušan Kuzma, Ferdinad Milučký, Ivan Matušík, Tibor Alexy, Ladislav Kušnír, Viera Mecková, Štefan Šlachta, Ján Miloslav Bahna, Peter Pásztor, Martin Kusý ml., Pavel Paňák, Ľubomír Závodný, Ingrid Gažová - Konrad a mnohí ďalší mladší, medzi nimi aj viacerí nositelia Ceny Emila Belluša a Ceny Dušana Jurkoviča alebo ocenenia C.E.ZA.R.
Fakulta architektúry je v súčasnosti najväčšou vzdelávacou inštitúciou pre výchovu architektov na Slovensku. Poskytuje univerzitné vzdelanie na uznávanej európskej úrovni pre budúcich architektov, urbanistov, dizajnérov, krajinných a záhradných architektov. Jej súčasťou je 9 ústavov a 2 kabinety: Ústav architektúry obytných budov, Ústav architektúry občianskych budov, Ústav ekologickej a experimentálnej architektúry, Ústav dejín a teórie architektúry a obnovy pamiatok, Ústav konštrukcií v architektúre a inžinierskych stavieb, Ústav interiéru a výstavníctva, Ústav urbanizmu a územného plánovania, Ústav záhradnej a krajinnej architektúry, Ústav dizajnu, Kabinet počítačových a multimediálnych disciplín a Kabinet výtvarnej tvorby.
V súčasnosti stojí na čele fakulty doc. Ing. arch. Ľubica Vitková, PhD., prvá žena vo funkcii dekana, a to nielen v histórii tejto fakulty, ale v histórii univerzity.