Prevádzka informačného systému sa realizuje na 3 úrovniach:
1. Celouniverzitná úroveň - prevádzky je vyriešená v podsystéme MAJETOK a PERSON PRO na serveri ORACLE verzia 7. Užívateľský prístup je realizovaný z fakúlt cez kvalitnú 100Mb sieť.
2. Fakultná úroveň - sa používa v podsystémoch ISF, Účtovníctvo a financie, Študent a Uchádzač. Aplikácie využívajú fakultné servre typu NOVELL a fakultnú sieťovú infraštruktúru.
3. Lokálna úroveň - softvérové riešenia využívané len na niektorých pracoviskách; program MTZ, Telefóny, Investície a Evidencia drobného majetku.